Las tierras ocupadas por las reducciones jesuíticas eran frecuentemente asoladas por bandas procedentes del brasil. Los “bandeirantes” practicaban la caza del hombre, llevando prisioneros a los indígenas a los que luego sometían a la esclavitud. La organización de los jesuitas, altamente disciplinada, era un poderoso freno a la acción de estas bandas, siendo frecuente que ante la presencia de éstas los indios buscaran su protección.

En las inmediaciones del actual arroyo Santo Pipó existía, por aquellos tiempos, una tribu guaraní cuyo cacique no había aceptado la conversión al cristianismo que predicaban los jesuitas. En una de sus incursiones, los bandeirantes atacaron la tribu, muy pocos de cuyos integrantes pudieron huir.

Entre éstos se contaba el cacique, quien logró cruzar el arroyo y refugiarse en la reducción. Los padres misioneros le administraron las sagradas aguas, bautizándolo con el nombre de Santos. Cuenta la leyenda que los pies y manos del cacique dejaron una huella indeleble en los márgenes del arroyo. Para conmemorar el acontecimiento, los jesuitas labraron una piedra en la cual tallaron la huella de un pie, la de una mano.
En guaraní “PI” significa pie y “PO” manos, “RE” huellas. Así se formó Piporé que significa: Huellas de Pie y Mano del cacique Santos. Con estos elementos y el apócope irregular Santo (de Santos) se formó “Santo Pipó” que la imaginación popular llevó a la categoría de Santo Milagroso.